Color Cleaner 2 est un jeu de réflexion. Vous devez réunir les formes de même couleur en un minimum de clics afin de les supprimer. Si vous vous trompez, des formes resteront à la fin du niveau et vous devrez tout recommencer. Le jeu se joue entièrement à la souris. Cliquez sur une forme pour la supprimer ou sur un groupement de formes accolées de même couleur.